Trong những năm ở ngôi, Lỗ Ẩn công hội chư hầu 12 lần, khi về không làm lễ, vì bản ý không muốn nhận lấy lễ vua, tỏ ý ngày sau nhường lại cho công tử Quỹ. Cuối năm 712 TCN, Công tử Huy (tức Vũ Phủ) muốn được chức Thái tể của Lỗ quốc, nên tìm cách lấy lòng Ẩn công, hiến kế cho ông giết công tử Doãn để giữ chắc quân vị. Ẩn công không chịu, nói rằng

Chỉ vì trước đây ông ta nhỏ tuổi nên tôi mới lên thay nhiếp chính. Bây giờ ông ta lớn tuổi rồi, tôi cần phải trả lại ngôi vua cho ông ta. Tôi còn dự kiến xây dựng cung thất tại Thọ Câu[9] rồi dưỡng lão ở đó luôn[10].

Vũ Phủ lo sợ bị giết, bèn chạy sang theo Công tử Doãn, gièm pha với Doãn và đề nghị hãy giết Ẩn công. Công tử Doãn đồng tình.

Tháng 11 năm 712 TCN, Lỗ Ẩn công đi tế lễ tại Chung Vu, trai giới ở Xà Phố ở quán nhà họ Vi. Vũ Phủ sai thích khách giết chết ông và lập Cơ Doãn lên ngôi, tức là Lỗ Hoàn công. Hoàn công lên ngôi sai quân đi đánh họ Vi, giết chết hơn nghìn người[11].

Lỗ Ẩn công làm vua được 11 năm.